因为负离子带负电荷可与H 中和而消除氢键，从而可将大分子团水切割成小分子团水。小分子团水具有良好生理效应。

病人在做负离子治疗时，常在负离子治疗仪前放置一杯水，在洽疗结束后将此水饮下，或涂在病变的皮肤上或用来点眼睛，都收到良好治疗效果，其机理就是小分子团水的作用。另外，由于小分子六环水作为信息载体能将负离子场信息带入体内细胞间，对病态细胞场具有调整、矫正作用。