肠道菌群和人体内正常菌群都能代谢氢气，代谢氢气包括合成氢气和利用氢气或同时拥有合成利用氢气的能力。其次，氢气能促进肠道蠕动，而肠道蠕动是影响肠道菌群的重要因素。因此肠道菌合成氢气可以影响人体健康。

氢气是肠道菌群的核心代谢物质，所以氢气对肠道菌群的健康具有重要地位。肠道细菌也是自然界常见细菌类型，大约50%的肠道细菌存在代谢氢气的能力和潜在能力，主要是这些细菌基因组中都含有能代谢氢气的氢化酶基因。

许多大肠杆菌含有氢化酶基因，一旦肠道细菌获得碳水化合物，第一类代谢产物就包含氢气。

当然细菌产生的氢气大部分并没有被消化道吸收，主要是被另外的细菌作为食物消耗掉。比较著名的能利用氢气的细菌包括胃幽门杆菌和肠道内产甲烷菌，这些细菌平时得不到足够的氢气，因此往往不容易大量繁殖。但是如果能给大肠细菌提供能量，这些产氢菌和用氢菌都能雨露均沾，幸福生活。

富氢水可改善老便秘最主要的原因还在于，氢水可改善便秘患者肠道内菌群的生存环境，氢分子独有的具有选择性中和羟基自由基和亚硝酸阴离子等恶性自由基的作用，恶性自由基几乎是所有疾病（包括亚健康与衰老）发病的重要因素之一。

氢水能抑制恶性自由基对人体正常胃肠功能损伤，将其中和后以水的形式安全排除体外，依靠水中的活性氢，改善对食物的消化和吸收效果，同时 保护了肠粘膜，修复肠道周围的受损细胞和内脏，防止毒素对肠壁的损伤。这样 “肠道花圃” 就能比较快速地得以复原。

《医学气体研究》杂志发表来自京都府立大学研究生院分子胃肠病学和肝脏病学系Yuji Naito教授课题组的最新研究，发现连续4周饮用氢水促进肠道内20多类细菌生长。肠道内部分短链脂肪酸含量增加，对胆固醇代谢和肝脏功能产生一定优化效应。

氢分子医学研究领头人孙学军教授也表示，通过喝氢水治疗便秘主要基于以下原因:

首先是安全性高，许多治疗便秘的药物可能带来许多不良后果，导致便秘不治疗难受，治疗危险的尴尬局面。

喝氢水不用担心有不良作用，而且对许多其他慢性疾病如糖尿病动脉硬化等也可能会带来好处。

其次是这种方法不产生耐受，可以持续发挥效果。许多治疗便秘的药物开始有效，但不能长期有效。

再次是氢水对老年便秘的有效率非常高，初步估计能达到80-90%左右，这样高的有效率，简直是不可思议。

孙教授还建议：在用富氢水治疗便秘时，首先应尽量停用导致便秘的药物，并调整生活方式和饮食习惯。可在早晨起床后空腹饮用1-2杯氢水（大口大口喝水，吞咽动作快一些）中餐、晚餐后饮用2杯氢水，可帮助食物消化，氢水中的氢气能够尽快地到达结肠，刺激肠蠕动，促进排便，从根本上改善便秘的情况